Participam 64 representantes das 27 unidades da federação, escolhidos através dos campeonatos estaduais ou de torneios regionais conforme distribuição de vagas para cada unidade da federação, mais os dez primeiros colocados do Ranking da CBF (excluídos os participantes já selecionados pelo critério anterior).

O campeão da Copa do Brasil conquista o direito de disputar a Copa Libertadores da América. Desde o inicio do Século XXI os clubes que se classificam para a Libertadores, tanto pela Copa do Brasil como pelo Campeonato Brasileiro não podem participar da Copa do Brasil no mesmo ano em que participam da competição continental, já que as duas competições têm muitas datas simultâneas. A Copa do Brasil é vista como um caminho mais curto para chegar à Taça Libertadores, já que uma equipe somente disputa no máximo 12 partidas.