A Copa do Brasil foi criada, a princípio, para aplacar o descontentamento das federações de Estados com menor tradição no futebol nacional, cujos representantes dificilmente teriam a oportunidade de enfrentar um "clube grande" durante o ano após o "enxugamento" do Campeonato Brasileiro feito em 1987, com a criação da Copa União. Entre 1973 e 1986, o Brasileirão contou sempre com a presença de pelo menos um representante de cada federação (normalmente o campeão do ano anterior) que mantivesse um campeonato disputado profissionalmente (os Estados com maior força tinham um número maior de representantes, também inseridos de acordo com a classificação no campeonato estadual do ano anterior). O Campeonato Brasileiro chegou a ser disputado por 94 times, em 1979 (em 1986 eram 44).

A primeira edição desta competição ocorreu em 1989. O primeiro gol de sua história foi marcado por Alcindo, na vitória por 2 a 0 do Flamengo sobre o Paysandu, em 1989, e o Grêmio foi o primeiro clube campeão da Copa do Brasil (1989).

No dia 4 de março de 1991 ocorreu a maior goleada da história da competição, no Estádio Independência, em Belo Horizonte, quando o Atlético (MG) aplicou 11 a 0 no Caiçara (PI). O placar do estádio só possuía espaço para registrar um algarismo por clube, por isso parou de contar quando jogo ainda estava 9 a 0.

Em 1993, quando ainda não havia a regra da "ida e volta restrita", o Internacional ganhou por 6 a 0 (2 de abril) e 9 a 1 (6 de abril) do Ji-Paraná de Rondônia, somando 15 a 1 e construindo a maior soma de resultados da história da Copa do Brasil.

De 1989 a 1993 o campeão de cada ano ficava com o troféu. A partir de 1994 o clube que vencesse a Copa do Brasil por três vezes teria posse definitiva da taça. Isto ocorreu em 2001 com o Grêmio (após as conquistas de 1994, 1997 e 2001).^[1]. Sendo assim, em 2002 foi colocado em disputa um novo troféu, que permaneceu até 2007, mesmo sem nenhum clube conquistar sua posse definitiva. A partir de 2008, a Copa do Brasil instituiu uma nova taça. A exemplo dos anos anteriores, a CBF comissionou ao artista plástico Holoassy Lins de Albuquerque a criação de uma escultura-troféu, dando seguimento à tendência da confederação de presentear os clubes ganhadores dos maiores campeonatos brasileiros com esculturas criadas exclusivamente para os eventos por artistas brasileiros ao invés de usar troféus padronizados.

Em 2010 o Santos Futebol Clube bateu recorde de gols em uma única edição da Copa do Brasil 39 gols ao todo.

Os maiores vencedores da competição são o Grêmio e Cruzeiro, ambos tendo vencido o torneio em quatro oportunidades.