A disputa se dá no sistema "mata-mata", ou seja, times divididos em chaves de dois, decidindo em 2 jogos, cada jogo com um deles como mandante. Aquele que conseguir mais pontos passa para a fase seguinte, onde o sistema se repete até a final, que decide o campeão. O campeão desde 1989 tem vaga garantida na Taça Libertadores da América do ano seguinte.

Em 1995 foi estabelecido que, nas duas primeiras fases, se o time visitante vencesse por diferença maior ou igual a três gols no jogo de ida, estaria automaticamente classificado para a fase seguinte. No ano seguinte, foi estabelecido que a diferença necessária para se qualificar como visitante na partida de ida seria de dois gols^.